Die Forschung der Fakultät ist auf innerhalb Deutschlands und international vielfältig vernetzt. Eine besondere Rolle kommt dabei der Kooperation mit dem Helmholtz Zentrum München - Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt zu.
Klinische Kooperationsgruppen mit dem Helmholtz Zentrum München – Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt:
Zentrum für Allergie und Umwelt (ZAUM)
Pädiatrische Tumorimmunologie (Kinderklinik)
Immunmonitoring-Plattform (Partner HMGU, TUM (Mikrobiologie), LMU)
Antigen-spezifische Immuntherapie (Mikrobiologie)
Osteosarkome (Kinderklinik)
Angeborene Immunität in der Tumorbiologie (Strahlentherapie)
Gemeinsame Berufungen mit dem Helmholtz Zentrum München – Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt:
Prof. Martin Göttlicher, Toxikologie und Umwelthygiene
Prof. Thomas Meitinger, Humangenetik
Prof. Vasilis Ntziachristos, Biologische Bildgebung
Prof. Ulrike Protzer, Virologie
Neben den Verbindungen zum Helmholtz Zentrum München bestehen in der wissenschaftlichen Metropole München enge Verbindungen zur Ludwig-Maximilians-Universität, der Max-Planck-Institute sowie weiteren Institutionen wie der im Aufbau befindlichen Medizinischen Fakultät der Universität Augsburg.